معاونیت امور محصلان یکی از واحد های کلیدی پوهنتون بوده که مسوولیت ارایه یک بخش کلان از خدمات مربوط به محصلان و فارغان را به عهده دارد. فعالیت های کلیدی این بخش را مواردی چون برنامه ریزی جشن های فراغت، تهیه و طی مراحل اسناد فارغان، ارایه تائید/تصدیق نامه برحالی و فراغت، تهیه کتاب های اساس (سمستروار و فراغت)، تنظیم و مدیریت اوراق، حاضری ها و شقه های امتحانات برنامه های لیسانس و تامین ارتباطات با وزارت تحصیلات عالی تشکیل میدهد. بخش معاونیت امور محصلان دارای دیپارتمنت های بوده که هر دیپارتمنت دارای لایحه وظایف مشخص بوده و خدمات متفاوت را ارایه می نماید.