ساختار اداری پوهنتون کاردان توسط شورای علمی به رهبری رییس پوهنتون و در صورت غیاب وی، توسط معاون علمی پوهنتون اداره می‌شود. شورای علمی صلاحیت نهایی نظارت بر اولویت‌های تحصیلی در امر آموزش، تحقیق و آموزش را بر عهده دارد.
شورای علمی پوهنتون کاردان مسوولیت نظارت نصاب درسی پوهنتون، برنامه ارتقای کیفیت، طراحی و مدیریت برنامه‌ها، معیارهای اعتباردهی ملی و بین المللی و تدوین استراتیژی و پالیسی و عملکرد پوهنتون را برعهده دارد. شورای علمی متشکل از رهبری پوهنتون، رییس‌های پوهنځی‌ها، هماهنگ کنندگان، مسوول برنامه‌ها و آمران دیپارتمنت‌ها است.